När jag var i Stanford påbörjade jag ett intressant projekt som handlade om protein engineering, eller design och tillverkning av ett nytt protein. Två doktorander i gruppen jobbade med ett protein som kallas för Grönfluorescensprotein (GFP) som kan klyvas i två delar. De två delarna kan sedan separera från varandra när man skiner ljus på proteinet. När delarna sedan komplementerar så kan proteinet avge fluorescens, vilket är en signal som vi sedan kan mäta. Det här är användbart för att exempelvis undersöka interaktioner mellan biomolekyler.
Ett problem som doktoranderna hade identifierat var att man behövde lysa ljus ganska länge innan de två delarna separerade från varandra och de undrade om jag med hjälp av datormetoder kunde lista ut hur man kunde göra förändringar i proteinet för att delarna skulle separera snabbare. Resultatet från projektet publicerades igår i den prestigefulla vetenskapliga tidningen Nature Communications och den är gratis tillgänglig för alla som är intresserade. Jag hoppas att den därför når forskare som är intresserade av att göra liknande arbete, eller som kan bli inspirerade av vårt arbete.